L'État encadre la gestion et la restauration des populations de migrateurs amphihalins afin de préserver ces espèces.

Il élabore des documents d'objectif et de planification afin de préserver ces populations ou de les restaurer. Il est en outre chargé de mettre en œuvre les règlements (exemple : anguille...), les directives (directive cadre sur l'eau, directive habitats faunes flores - Natura 2000, ...) et les programmes européens de protection de ces espèces. Pour cela, il rédige les textes de loi et fait appliquer la règlementation.

Par ailleurs, compte tenu de ses particularités, la Bretagne constitue un contexte favorable aux migrateurs amphihalins. D'une part, ses centaines de fleuves côtiers (environ 560) sont autant de portes d'accès vers les milieux aquatiques pour les migrateurs amphihalins. D'autre part, le bon état écologique des cours d'eau à l'Ouest de la région (37,3% des cours d'eau bretons sont en bon état ou très bon état en 2013 dont la plupart sont situés dans le Finistère - Source : Observatoire de l'eau en Bretagne) témoigne du bon potentiel d'accueil des milieux aquatiques vis-à-vis des peuplements piscicoles.

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C'est pourquoi l'État et la Région se sont engagés dès 1994 dans un contrat de projet spécifique aux migrateurs amphihalins. Ce contrat a déjà permis de mettre en œuvre plus de 1 000 actions en faveur des migrateurs amphihalins en Bretagne.