Du point de vue de la réglementation, les espèces migratrices sont concernées par deux types de textes :

Des textes spécifiques à la gestion et l’exploitation des espèces migratrices

Les mesures réglementaires relatives à la gestion et à la pêche des poissons appartenant « aux espèces vivant alternativement dans les eaux douces et dans les eaux salées » sont fixées par le Code de l’Environnement : articles R436-44 à R436-68 qui ont repris les dispositions du décret n°94-157 du 16 février 1994 (décret dit « amphihalin », abrogé depuis).
Ces dispositions s'appliquent « aux cours d'eau et aux canaux affluant à la mer, tant en amont de la limite de salure des eaux que dans leurs parties comprises entre cette limite et les limites transversales de la mer, à leurs affluents et sous-affluents ainsi qu'aux plans d'eau avec lesquels ils communiquent, dans la mesure où s'y trouvent des poissons migrateurs appartenant aux espèces suivantes » (Art. R436-44) :

• saumon atlantique (Salmo salar)
• grande alose (Alosa alosa)
• alose feinte (Alosa fallax)
• lamproie marine (Petromyzon marinus)
• lamproie fluviatile (Lampetra fluviatilis)
• anguille (Anguilla anguilla)
• truite de mer (Salmo trutta, f. trutta)

Le Code de l’environnement impose par ailleurs la mise en œuvre par bassin d’un  « plan de gestion des poissons migrateurs » (PLAGEPOMI) et la création du « comité de gestion des poissons migrateurs » (COGEPOMI).

L’exercice de la pêche des poissons migrateurs proprement dite est encadré par les articles :

• R435-55 à 61 pour ce qui concerne les périodes, temps d'interdiction et engins de pêche ;
• R436-62 à 65 pour ce qui concerne les mesures utiles à la reproduction, au développement, à la conservation et à la circulation des poissons ;
• R436-65-1 à 65-8 pour ce qui concerne la pêche à l’anguille et les mesures de conservation de l’espèce.

Ces derniers articles prennent en compte les dispositions du règlement européen (R(CE) n°1100/2007) qui institue des mesures de reconstitution du stock d’anguille. Ce règlement impose par ailleurs, à chaque état membre, la mise œuvre d’un plan de gestion de l’anguille européenne.
Concernant le Saumon, l’OSCAN (Organisation de Conservation du Saumon de l’Atlantique Nord), dont l’Union Européenne est partie contractante, a édicté des recommandations et résolutions que chaque état doit mettre en œuvre en établissant un plan de préservation du saumon.

Télécharger le règlement anguille (R/CE n°1100/2007)

Télécharger le plan de gestion de l'anguille en France

Télécharger le plan de gestion anguille, volet breton

Télécharger le plan de mise en oeuvre des recommandations de l'OCSAN

Des textes plus généraux, relatifs à l’eau et aux milieux aquatiques

C’est la DCE (Directive 2000/60/CE du Parlement Européen et du Conseil, en date du 23 octobre 2000) qui établit un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l'eau. La transcription de cette directive dans le droit français s’est traduite par la Loi sur l’Eau et les Milieux Aquatiques (LEMA) N°2006-1772 du 30 décembre 2006 et les textes (décrets, arrêtés et circulaires) qui en découlent.
Parmi les mesures réglementaires définies pour atteindre le bon état écologique des cours d’eau, certaines concernent de près ou de loin les poissons migrateurs. Il s’agit notamment des mesures édictées par le Code de l’Environnement visant l’hydro-morphologie des cours d’eau et plus particulièrement les frayères (article L432-3) et la continuité écologique (article L214-17).