Les Contrats Territoriaux Milieux Aquatiques (CTMA) constituent le cadre opérationnel qui permettent la mise en œuvre d'actions.

Les CTMA sont signés entre l'agence de l'eau Loire Bretagne et les collectivités territoriales de bassin versant en partenariat avec les FDPPMA et les conseils généraux (cellules ASTER ou CAMA). Ils ont pour objectif l'atteindre du bon état écologique des eaux demandé par la Directive cadre européenne sur l'eau (DCE).

Les actions réalisées dans le cadre de ces contrats sont bénéfiques aux populations de migrateurs amphihalins. Le bon état écologique se définit en effet comme l'état de bon fonctionnement des milieux aquatiques pour les organismes vivants inféodés à ces milieux, et notamment pour les peuplements piscicoles (Circulaire définissant le bon état des eaux).

 État d'avancement des SAGE en Bretagne (Source : Observatoire de l'environnement en Bretagne)

Le contrat territorial est conclu pour une durée de 5 ans entre le maître d’ouvrage et les partenaires techniques et financiers. Il est précédé d’une étude préalable permettant l’approche globale et cohérente des causes de dégradations dont celles des milieux aquatiques sur le territoire concerné. Cette étude définit le programme d’actions du contrat visant l’atteinte des objectifs environnementaux.

La réalisation des actions s’accompagne d’un suivi et d’une évaluation par une étude bilan à mi-parcours et la dernière année du contrat. A l’issue du contrat, un dispositif de veille territoriale peut être mis en place pendant 3 ans maximum, une fois les objectifs environnementaux atteints.
Pour les cours d’eau et leurs annexes, sont susceptibles d’être aidées les actions corrigeant les altérations constatées et visant le bon état des eaux, le bon potentiel, ou leur préservation, selon leur classification. Ces actions ciblent le régime hydrologique, la continuité de la rivière et les conditions morphologique.

En matière de zones humides, les actions ont pour but :

• le maintien ou la restauration de leur capacité naturelle à réguler en qualité et en quantité la ressource en eau,
• la gestion durable des milieux restaurés,
• la limitation de la régression des zones humides (dont celles à fort caractère patrimonial) notamment par leur inventaire et l’acquisition au titre de la trame verte et bleue.

Les actions concernant les grands migrateurs visent la restauration des habitats, le rétablissement de la libre circulation et la continuité écologique.